Le Lycée Français International de Málaga est un établissement privé conventionné avec l’Agence pour l’Enseignement Français à l’Etranger (A.E.F.E.), elle-même établissement public national à caractère administratif placé sous la tutelle du Ministère des Affaires Etrangères et de la Coopération. L'Agence, qui a été créée par la Loi du 6 Juillet 1990, est représentée à Madrid par les Services Culturels.
Les établissements conventionnés sont gérés par des associations ou fondations de droit privé, français ou étranger, et ont passé une convention administrative, financière et pédagogique avec l’AEFE. Cette convention porte notamment sur les conditions d’affectation et de rémunération d'agents titulaires de l’Éducation nationale et sur l’attribution de subventions. Ces établissements entretiennent avec l’AEFE un dialogue de gestion constant.
Le Lycée Français International de Málaga entrant dans le champ d’accords bilatéraux (Convention du 7 février 1969 précisée par celle du 2 juin 1977 - Décret Royal nº 806/93 du 28 mai 1993) entre les états espagnol et français, les élèves ayant effectué la totalité de leurs études secondaires au LFI Malaga bénéficient ainsi d’une validation permanente de leurs études dans les deux systèmes d’enseignement.
Le Lycée Français International de Málaga fonctionne grâce aux frais de scolarité payés par les parents ainsi qu’aux subventions de l’A.E.F.E. par la prise en charge d’une partie des salaires des enseignants «résidents» (enseignants titulaires de l’Education Nationale Française) ainsi que les salaires des expatrié(e)s (proviseur(e) et directeur(trice) du primaire)
Le Lycée Français International de Málaga est géré par le Comité de gestion de l’Association pour le Développement du Lycée Français International (A.D.L.F.I.M.) et dirigé par un Chef d’Etablissement (Proviseur(e)), fonctionnaire français nommé(e) par la France. L’organisation, direction et administration de l’établissement scolaire est régi par les normes fixées par l’A.E.F.E.
L’A.D.L.F.I.M. est inscrite auprès du Registro de Asociaciones de la Junta de Andalucía, Consejería de Justicia e Interior, le 18 décembre 2014 (nº 29-1-1252), en tant qu’association à but non lucratif. Le Comité de Gestion en est l’organe de représentation et de gestion. Il est composé de membres qui agissent de façon bénévole sans pouvoir, en aucun cas, être rétribués pour l’exercice de leurs fonctions. Les statuts de l’A.D.L.F.I.M. peuvent être consultés librement.
Le budget de l’établissement, élaboré par le directeur(trice) administratif et financier aidé du chef d’établissement et du directeur du primaire, et approuvé par le Comité de Gestion, est soumis au visa conforme de l’A.E.F.E.
Les fonds disponibles à la fin de chaque période budgétaire ne sont pas considérés bénéfices mais réinvestis dans le Lycée Français International de Málaga : projets éducatifs, améliorations des installations, acquisition de matériel, etc. Cet aspect nous différencie de la plupart des établissement similaires.
Le Chef d’Etablissement assume l’entière responsabilité de l’organisation et du fonctionnement pédagogiques, ainsi que de la vie scolaire de l’établissement. En lien avec les corps d’inspection, il est le garant de la conformité des enseignements d’avec les règles de l’homologation.
Le Chef d’Etablissement assure par délégation de l’organisme gestionnaire le bon fonctionnement de l’établissement sur le plan matériel, humain, immobilier et financier. Il est associé de façon étroite et permanente à la gestion de l’établissement et fournit toutes les informations nécessaires à l’organisme gestionnaire.